Sejarah penubuhannya bermula tahun 1973 hasil daripada satu cadangan yang telah dikemukakan kepada pihak Kerajaan Negeri agar ditubuhkan satu jabatan khas bagi mengendalikan sekolah-sekolah agama. Pada 1 Julai 1974 kerajaan telah bersetuju menubuhkan Jabatan Sekolah-Sekolah Agama Kelantan (JASA), dan jabatan ini diletakkan di bawah Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan, Nilam Puri melalui Enakmen No. 9 tahun 1969. Enakmen ini kemudiannya dipinda dan diletakkan di bawah Enakmen baru No. 3 tahun 1977.
Jabatan ini telah beroperasi di bangunan Yaakubiah Lundang, Kota Bharu dan ditadbir oleh jemaah tadbir yang bertanggungjawab kepada Majlis Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan.
Pada 29 Julai 1976 Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri telah bersetuju mengambil alih enam buah sekolah agama di bawah pentadbiran Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan (MAIK), iaitu :
- Madrasah Muhammadiah (Kota Bharu)
- Madrasah Falahiah (Pasir Pekan, Tumpat)
- Madrasah Amir Indera Petra (Beris Kubor Besar, Bachok)
- Madrasah Yaakubiah (Nipah, Bachok)
- Madrasah Arabiah (Pasir Mas)
- Madrasah Syamsul Maarif (Pulai Chondong, Machang).
Pengambilalihan ini termasuk sekolah-sekolah yang pentadbirannya diluluskan oleh MAIK yang dilaksanakan mengikut sukatan pelajaran yang digubal oleh MAIK, tetapi dengan guru-guru yang dilantik dan dibiayai sendiri oleh Jawatankuasa Kemajuan Sekolah masing-masing.
Pada 22 Mac 1979, pentadbiran sekolah-sekolah agama Kelantan berpindah daripada JASA kepada Yayasan Pelajaran Islam Negeri Kelantan (YPINK) melalui Enakmen Bil. 5, tahun 1979. Enakmen ini mula berkuatkuasa pada 1 Jun 1979, yang tertakluk terus kepada pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri sebagai badan berkanun. Penubuhan ini bertujuan :
- Meningkatkan taraf pendidikan dan pelajaran agama dalam negeri ini supaya seimbang dengan keperluan ummah dan Negara.
- Bagi memaju dan melayakkan sekolah-sekolah agama di negeri menjadi saluran kepada pusat-pusat pengajian di dalam dan di luar negeri.
- Mewujudkan pengurusan dan pentadbiran yang licin dan cekap bagi menjamin supaya sekolah agama akan berkembang maju.
Pada 1 Mac 1983 satu enakmen baharu iaitu Enakmen Kelantan Bil. 8/1982 yang dinamakan Yayasan Islam Kelantan (YIK) telah dikuatkuasakan bagi menggantikan Enakmen Bil. 5/1979 Yayasan Pengajian Islam Negeri Kelantan (YPINK) yang telah dimansuhkan.
Berikutan penukaran nama ini, pejabat YIK yang bertempat di bangunan Yaakubiah, Lundang, Kota Bharu dipindahkan ke bangunan asrama sementara Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan (YPTIK) di Nilam Puri pada 4 Jun 1983. Kemudian berpindah ke bangunan lama Istana Nilam Puri yang terletak dalam Kampus Akademik Islam Universiti Malaya pada 9 September 1990 dan seterusnya ke Bangunan Pusat Bahasa Arab pada 1 Jun 1996 hingga sekarang.
YIK bertanggungjawab mentadbir dan mengurus hal-hal berikut:-
Sekolah-sekolah Menengah Agama/Arab seluruh negeri Kelantan.
- Pusat Bahasa Arab, Nilam Puri.
- Pusat Pengajian Pondok, Telong, Kandis, Bachok.
- Tadika Tengku Anis, Kampung Sireh, Kota Bharu.
- Kewangan untuk pengurusan dan pembangunan.
Penubuhan YIK telah memberi nafas baharu dalam bidang Pendidikan Islam dan bahasa Arab. Ia telah berjaya mewujudkan kemudahan-kemudahan asas seperti bangunan yang sesuai, peningkatan tenaga pengajar dan buku teks yang bermutu dari semasa ke semasa. Begitu juga ia telah melahirkan pelajar-pelajar yang cemerlang sehingga sekolah-sekolah agama bukan lagi menjadi pilihan terakhir bagi pelajar-pelajar yang lemah.